Katolik misyonerlerin faaliyetleri, bu mezhebin tarikatları olan Cizvit, Fransisken, Kapucin ve Lazarist tarikatları tarafından yürütülmüştür. Bu tarikatlar, Hıristiyanlıkta ki “Reform hareketi”nden sonra, Katolik Kilisesi’nin de, kendisine “yeni bir çeki düzen vermek” düşüncesinden hareketle ortaya çıkmışlardır.        Osmanlı Devleti bünyesinde, Fransa’nın himayesinde faaliyete başlayan bu tarikatların amaçları; Roma ve Bizans kiliselerini, yani Katolik ve Ortodoksluk mezheplerini birleştirmek ve Papa’nın otoritesini yükseltmekti. Ayrıca, Müslümanları Hıristiyan yapmak, Osmanlı ülkelerindeki Rum ve Ermenileri ve Katolik olmayan Hıristiyanları Katolik yapmak ve Fransa’nın nüfuzunu kuvvetlendirmekti. Osmanlı Devleti’nde Katolik misyonerlerin erkenden faaliyete başlamalarının sebebi Fransa’ya verilen kapitülasyon imtiyazları olmuştur.        Osmanlı Devleti tarafından yabancılara tanınan ticari kapitülasyonlar yanında din ve ayin serbestliği, misyonerlerin Osmanlı memleketlerine gelmelerine yol açmıştır. Bu amaçla 1583 yılında, Cizvitler adlı Hıristiyan misyonerler İstanbul’a gelmişlerdir. Daha sonra, 7 Temmuz 1626 tarihinde İstanbul’a gelen üç kişilik biri Kapucin misyoner heyeti, 19 Temmuz 1626’da Galata’daki St. Georges Kilisesi’ne ve Kilise’nin yanındaki eve yerleşerek, Hıristiyanlığın esaslarını öğretmeye, hastalara, zindandaki esirlere ve limandaki Fransız gemicilere yardım etmeye, bunun yanı sıra da Katolikliği yaymaya başladılar. Hatta Kilise’nin yanında bir de okul açtılar.        1637 Yılında, Fransız Kralı XIII. Louis, Kapucin misyonerlerinin doğudaki faaliyetlerinden o kadar memnun oldu ki, onlara Fransız elçilik binasının yanındaki evi bağışladır. 1673’de Fransız elçiliğine ve konsolosluklarına “Dil oğlanları” adında tercüman yetiştirebilmek için;”St. Louis Kapucin Papazları Koleji” adıyla ayrı bir bina dahi yaptırıldı. Bu Kolejde öğrencilere Latince, Fransızca ve İtalyanca’nın yanında; Türkçe, Rumca ve Ermenice de öğretiliyordu.        Osmanlı Ülkesindeki misyonerlerin büyük çabaları yanında yabancı devletlerin her türlü imtiyazı kendi çıkarları doğrultusunda yorumlayarak bütün fırsatları değerlendirdiklerini görmekteyiz. Yabancılar dini faaliyetler dışında Osmanlı İmparatorluğu’nda okul açma hakkına da kavuşmuşlar, bununla da yetinmeyerek kendilerine yakın olan gayr-i Müslim cemaat okullarını himaye altına alarak, bu okullar üzerindeki etkilerini de sürdürmüşlerdi. Aslında yabancı devletlerin baştan beri izlediği politikanın gayesi Osmanlı ülkesinde Müslüman olmayan toplulukları denetim altına almaktı.        Himayeci politika güden devletlerin başında Fransa geliyordu. Zamanla git gide himaye kuvvetlendi. 1604, 1673 ve 1740 tarihli kapitülasyon fermanlarına ticari imtiyazlar çerçevesinde himayeye dair maddeler de konmuştur.        Himaye konusunda önemli olan şey tüccarlara yardım edecek konsoloslukların açılmasıydı. Böylece etkilerini göstermeye başladılar. Latin zümrelerin her biri milliyetine göre bir Hıristiyan-Katolik devletin himayesine girmeye başlamıştı. Katoliklerin en büyük hamisi Fransa idi. Ortodoksları Rusya, Protestanları İngiltere ve Amerika himaye ediyorlardı. Yabancı okullar Osmanlı topraklarında 1700’lü yıllardan itibaren çoğalmaya başlamış ve 1850 yıllarında oldukça yaygın hale gelmiştir.        Osmanlı Devleti’nde yabancı okulların yanı sıra; Rum, Ermeni ve Yahudi cemaatlerine ait çok sayıda gayr-i Müslim cemaat okulları da açılmıştır. Osmanlı Devleti’nin güçlü olduğu zamanlarda zararlı olmayan bu azınlık okulları kapalı cemaat şeklinde, dil ve din tedrisatlarını serbestçe yaparlardı. Osmanlı Devleti zayıflama sürecine girdikten sonra, devlet bünyesinde yaşayan gayr-i Müslimlerin ayrılıkçı hareketlere yönelmiş olduklarını görmekteyiz. Osmanlı Devleti’ni yıkmak ve parçalamak isteyen Emperyalist devletler ile iş birliği yapan gayr-i Müslimler, yabancıların misyoner okullarına eleman ve siyasi gayelerine destek vermişlerdir.        Osmanlı Devleti zayıfladıkça, gayr-i Müslimlerin gücünü artırdığını, Osmanlıların imzalamak zorunda kaldıkları anlaşmalar sonucu da, git gide Avrupa devletlerinin vesayeti altına girdiklerini görmekteyiz.        Osmanlı Devleti’nde eğitim geriledikçe, Ermeniler ve Rumlar sahip olacaklarını sandıkları Anadolu şehirlerinde, gerçek anlamda bir eğitim seferberliğine girmişlerdi[28]. Anadolu coğrafyasına açılmış olan azınlık okullarını, yabancılar tarafından açılmış okullardan ayrı mütalaa etmek hayli zordur. Çünkü azınlıklar kendi çıkarları doğrultusunda, misyoner faaliyetler sonucu kendi iradeleri ile yabancılarla işbirliği yapmaktaydılar.